Lãnh thổ của người Chachapoya nằm tại khu vực miền bắc dãy núi Andes thuộc Peru ngày nay. Nó bao gồm một khu vực tam giác được tạo ra từ sự hợp lưu của sông Marañón và sông Utcubamba trong tỉnh Bagua, cho tới lưu vực sông Abiseo, nơi có phế tích Pajáten. Lãnh thổ này cũng bao gồm vùng đất kéo dài về phía nam tới sông Chontayacu, vượt qua các giới hạn của khu vực Amazonas hiện tại về phía nam. Nhưng trung tâm của văn hóa Chachapoya là lưu vực sông Utcubamba. Với kích thước rộng lớn của sông Maranon và địa thế núi non bao quanh, khu vực này tương đối cô lập với bờ biển và các khu vực khác ở Peru; mặc dù có bằng chứng khảo cổ về một số tương tác giữa nền văn hoá Chachapoya và các nền văn hoá khác.

Thành phố Chachapoya tại Peru ngày nay lấy tên và đặc trưng kiến trúc của nền văn hoá cổ này. Garcilaso de la Vega ghi chép rằng khu vực Chachapoya vô cùng rộng lớn, đến nỗi "ta có thể dễ dàng gọi vùng đất này là một vương quốc bởi nó dài hơn 50 lý[1], rộng hơn 20 lý, chưa kể đến con đường dài khoảng 30 lý dẫn tới Muyupampa".